故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛终极一班3优酷　　梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦.....

　　曾经，泉田准一郎（木内秀信配音）怀抱着成为推理小说中的名侦探的远大理想报考了警察学校，如今，已经33岁的他，依然只是警视厅里一介小小的警部补。令他怎么也想不到的是，上级的一纸公文，居然就奠定了他从今往后悲惨的生活。这天，他成为了号称“驱魔娘娘”的药师寺凉子（生天目仁美配音）的部下，这位27岁就当上警视的红发美女，不仅是保全公司的千金大小姐，同时有着超高的智商，此外，凉子高傲的个性和古灵精怪的坏...

　　晴朗时节，江户川柯南（高山南配音）和毛利小五郎（小山力也配音）、小兰（山崎和佳奈配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的...