一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一机器人总动员2...

　　奥京都から逃げてきた鈴木凛（小鉄）は、かつて兄のいた東京の探偵事務所の所長、久遠美保のもとに身を寄せる。一方、裏社会で傀儡師として有名な御門竜也は、久遠美保殺害の依頼を受ける。そのためには小鉄が障害になると考えた竜也は、小鉄を狙う。だが、何度か対決して行くうちに、2人は徐々に意識しあう仲になってしまう。やがて、依頼人が自殺したことにより、竜也は小鉄を狙う理由はなくなった。以後竜也は小鉄の味方に...