故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法子潇梦想岛...

　　とある田舎の小さな町。最近この町では不思議な事件が多発していた。そこにやって来た妖怪園児「お・お・お・のしんのすけ」とその父、妖怪「タマタマ親父」。家出してしまった母妖怪「ケツデカオババ」を探しているという。町の小学生「桜ふみえ」が突然現れた謎の妖怪に襲われているところを助けるしんのすけ。この二人の出会いが、小さな町の壮大な妖怪事件簿の始まりであった第九区电影...